EL PRINCIPIO

A su regreso a la Aldea Oculta de Konoha, Naruto Uzumaki encuentra de nuevo a todos sus compañeros, algunos más cambiados que otros. Sakura Haruno ha estado entrenando con Tsunade, y a parte de su mejora en técnicas médicas, ha adquirido esa fuerza descomunal y absurda que caracteriza a la quinta Hokage, para horror de Naruto. Su sensei, Kakashi Hatake les somete a una prueba para comprobar cuánto han mejorado en estos años. Curiosamente, es la misma a la que les sometió al inicio de su carrera como ninjas, quitarle los cascabeles, aunque aquella vez Sasuke Uchiha aún estaba con ellos, aun asi lograron sacarle los cascabeles de una forma muy graciosa aunque ingeniosa.

EL RESCATE DEL KASEKAGE

Gaara, que entabló con Naruto una profunda amistad a raíz de los sucesos de la primera parte, se ha convertido en el Kazekage de su aldea. Además, dado que es un jinchūriki, ha atraído la atención de Akatsuki. Por este motivo, Sasori y Deidara llegan a la aldea y se infiltran gracias a la ayuda de un miembro de la aldea oculta de la arena, y Deidara emprende una infiltración que termina cuando lo descubre Gaara. Deidara se las ingenia para penetrar la defensa total de Gaara, poniendo en riesgo a la aldea gracias a sus explosivos. Gaara cae en las garras de la organización, que pretende extraer el monstruo de su interior, el Shukaku. Se alejan por el desierto mientras los persiguen Kankuro, quien se enfrenta a Sasori, descubriendo los nexos de él con la aldea de la arena y siendo prácticamente condenado a morir.
La aldea de la arena solicita la ayuda de Konoha, y la quinta envía al equipo Kakashi: Kakashi, Naruto y Sakura en el camino se encuentran con Temari a quien le cuentan lo ocurrido. Al llegar a la aldea de la arena, Sakura muestra lo mucho que ha aprendido de Tsunade, y salva a Kankuro. Tras ello Kakashi con la ayuda de Pakkun rastrea la localización de Gaara y parten con Naruto y Sakura y la anciana Chiyo, abuela de Sasori.
En el camino a la cueva donde están extrayendo el Biju a Gaara, El equipo Kakashi, se encuentra con un clon de Itachi y deben derrotarle para poder continuar, por otra parte el equipo de Maito Gai (enviado como refuerzo por la quinta) se enfrenta a un clon de Kisame compañero de Itachi y miembro de Akatsuki. Una vez derrotan a sus enemigos deben romper cinco sellos para abrir la puerta de la cueva, los miembros del Equipo Gai se movilizan a donde están los otros cuatro, al quitar los sellos se enfrentan a una trampa de Akatsuki, debiendo luchar con copias exactas de ellos con los mismos poderes.
Una vez el equipo Kakashi entra en la cueva se divide en dos Sakura y Chiyo se enfrentan a Sasori. La pelea se inicia con la abuela utilizando a Sakura como marioneta, peleando frente a Sasori, que esta dentro de su marioneta favorita (Hiruko). Sakura usa su gran fuerza y rompe la marioneta, obligando a Sasori a revelar su rostro. Sasori utiliza como segunda marioneta al Tercer Kazekage, que había desaparecido 20 años atrás misteriosamente. La abuela utiliza las dos primeras creaciones de Sasori, las marionetas de sus padres, y tras una feroz lucha quedan empatados. Pero Sasori utiliza la técnica secreta del Kazekage conocida como la "Satetsu", o arena de hierro, y toma el control del combate. Sakura es vuelta a utilizar como marioneta, pero esta vez ya comienza a analizar los movimientos de Sasori, logrando esquivar los ataques, y tras engañarle como que ha sido mortalmente herida logra destruir la marioneta del Kazekage de un golpe.
Como tercer marioneta, Sasori se utiliza a sí mismo, mientras la abuela Chiyo solo cuenta con Sakura. El renegado usa diversas armas, como lanzallamas, cañones de agua y un cable con arpón envenenado, que es tomado por Sakura cuando iba a ensartarla con él. La ninja logra jalar a Sasori del cable a su lado para destruirlo, pero se autorreconstruye. La abuela, en la batalla final, utiliza una técnica con la que invoca a "Las Diez Marionetas de Chikamatsu", y Sasori a su colección particular de 100 títeres. En el combate se prueba la cantidad contra la calidad, siendo destruidas la mayoría de las marionetas de Sasori entre Sakura y el poder conjunto de sus diez marionetas. Finalmente Sakura arroja el orbe de chakra de "Las Diez Marionetas de Chikamatsu" contra Sasori, que es aprisionado y le es absorbido el chakra. Pero éste logra zafarse usando el cuerpo de otra de sus marionetas y ataca a la abuela Chiyo por la espalda. Sakura se interpone y es gravemente herida por una katana envenenada, pero es salvada por una milagrosa técnica de Chiyo capaz de revivir a la gente en cambio de su propia vida (sin embargo Sakura no estaba muerta por lo tanto Chiyo no muere tras hacer esta técnica). Luego Sasori ataca a Chiyo con una daga, pero la abuela utiliza a los padres de Sasori y éstos atraviesan su corazón y el marionetista muere. La abuela Chiyo se dio cuenta de que Sasori podía haber esquivado su ataque, pero no lo hizo.
Mientras tanto, Gai, Lee, Tenten y Neji vencen a sus respectivos clones y Kakashi y Naruto persiguen a Deidara para rescatar a Gaara. Al descubrir que [[Gaara] ha muerto a causa de la extracción del Bijū, Naruto pierde la calma y comienza a liberar las "colas" del Kyuubi pero Kakashi lo detiene gracias a una especie de carta que le dio Jiraiya para que el chakra del Kyuubi dejara de salir. Deidara logra escapa pero sin brazos ya que Gaara como Kakashi logran arrancarle un brazo cada uno. Luego de esto se presenta Zetzu acompalado con un miembro que ingresa en Akatsuki, Tobi, reemplazando a Sasori. Chiyo usa entonces una técnica prohibida por la cual resucita a Gaara a cambio de su propia vida

LOS 12 GUARIANES NINJA

En la primera etapa del entrenamiento de Naruto, Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión, que consiste en ir a revisar un pueblo cerca de la frontera que ha sido atacado. El equipo Yamato se dirige hacia el punto donde habían quedado con los monjes del templo del Fuego. Naruto llega a un extraño lugar, cuando se adentra encuentra una tumba, en ese momento llega un chico llamado Sora y comienzan a pelear, más tarde llegaron los monjes y el equipo Yamato que después de presentarse llegaron al templo. El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas.
El equipo Yamato se dirige a un único lugar donde pueden salir los ladrones de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirigiéndose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a él Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas (llamado rueda de la fortuna) el equipo Yamato se disperse. Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas. Yamato engañaa Fudo cuando lo aprisiona en entre rocas, Yamato, usa un jutsu de tierra opara evitar el impacto, Sai logra burlar las trampas de Fuen y hasta llega a tocarla, mientras que Naruto enfrenta a Fuuka, quien lo intenta besar para extraerle el chakra, ademas ella tambien sabe usar los cinco elementos. Al inicio de su pelea Fuuka prueba el chakra de Naruto y descubre que es del tipo viento, y le dice que si no ha tenido su primer beso y Naruto recuerda el beso que tubo con su rival. Fuuka lo intenta besar pero cuando lo logra ve que es un kage y desde ahi Fuuka lo amenaza con besarlo y robarle su cuerpo. Casi al final Fuuka paraliza a Naruto y le comienza a robar el chakra besandolo. El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba. Mientras Naruto y Fuuka se besaban (ella con gusto ya que le estaba robando el chakra) llegaron Sakura y Sai. Un poco despues llega Sora.Por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha, ya que Sai salió herido del combate salvando a Sakura de una araña gigante. Durante su estadía en Konoha, Asuma informa sobre el ataque a la aldea en la frotnera del país del fuego. Mientras que Sora al perder dando un paseo en Konoha Naruto lo encuentra luchando con Akamaru lo cual inicia una pela entre , Naruto, Sora, Kiba, Akamaru, Chouji y Lee, la cual es detenida por Asuma. En Konoha Asuma le enseña a Naruto y a Sora a manipular su chakra de viento con la ayuda de un kunai. Luego aparece Furido y le dice a Sora que Asuma fue quien mato a su padre quien era Kazuma uno de los doce guardianes.
Danzou es capturado por unidades ambu, y es llevado el junto a un espía ante Tsunade para ser interrogados, Sora decide espiar, pero es sorprendido al mismo tiempo los consejeros detiene a Tsunade. Los miembros de Ambu atrapan a Sora, Sora se libera, e intenta atacar a Asuma, el pierde la conciendia y un miembros de raíz intea matarlo pero Naruto le protege.
Mas Adelante Furido decide atacar la aldea de Konoha en un golpe directo, Sora cae en una encrucijada pues desea vengarse de Asuma por asesinar a su padre pero este sentimiento esta ligado al hecho de que Asuma solo servía ordenes del aquel entonces tercer Hokage, sin embargo Sora finalmente decide ayudar a salvar a todos los habitantes de la aldea y detener a Furido. Los cuatro ninja invocan a los cuatro maestros relámpago, Yamato, Sakura y Asuma intentan detenerlos, pero Fudo y Fuen los intercpetan.
Mientras tanto Sakura,Naruto y Yamato continúan sus respectivas peleas, pero Asuma no logra detener a su adversario.
Sakura logra derrotar a Fuen usando un antídoto para el veneno de las polillas, tras vencerla las murallas de protección desaparecen, Yamato derrota a Fudo usando los elementos Tierra, Agua y Madera, haciendo que los zombis desaparezcan. Mientras que Asuma es encarcelado en una prisión de energía de elemento Rayo.
Yamato logra derrotar a otro de los ladrones haciando desaparecer a los ninja zombis que atacan a la aldea. Fuuka besa a Naruto mientras se encontraba inconciente, pero despues de un largo beso Naruto se da cuenta de su punto debil, usando su entrenamiento para cortar hojas derrota a otro de los enemigos mientras que Asuma, usa sus cuchillas para escapar de la prisión. Sora discute con Furiido por planear destruir a los aldeanos de la villa. También habla con Sora acerca del Kyubi, describiendo a los Jinchuriki, y que el cuarto hokage encerró al kyubi en un bebe, y que sellaron el chakra del Kyubi y resto del chakra del kyubi se encuentra dentro de Sora.
Kitane está a punto de llegar a su punto para completar el relámpago que destruirá Konoha por completo, pero Asuma le detiene justo a tiempo.
Más tarde Sora ataca a Naruto, mientras que Asuma , revela la identidad de Furiido, Kazuma. Sora enfurecido intnta lanzar a Sakura un ataque de chakra, Naruto lo intercepta usando chakra en su kunai. Shikamaru, Ino y Chouji llegan al lugar de la batalla, Shikamaru paraliza a Sora, y Chouji intenta detener con sus manos a Sora. Chouji es obligado a soltar a Sora debido al chakra del kyubi , Ino usa el cambio de cuerpos pero se ve obligada a retirarse debido a la prescencia del chakra, Kiba, Lee y Akamaru llegan, Shikamaru suelta a Sora que libera dos colas mas.
Kiba, Akamaru, Chouji y Lee intentan derrotar a Sora, mientras que Kazuma y Asuma siguen luchando. Tres colas salen de Naruto, mientras que Sora libera las cuatro colas. Kazuma explica por que sello el chakra en Sora, que es para derrotar al rey (el Hokage). Naruto pone fin al chakra de Kyubi, mientras que Sora en su mente ve toda su vida solitaria, llena de odio y triztesa, escuchando a lo lejos la voz de Naruto, hace que Sora entre en razón y Asuma sigue luchando contra Kazuma, Sai aparece atando a Kazuma a un árbol, Asuma le pregunta si salió a dar una vuelta, pero Kazuma se libera y Asuma lo mata. Sora decide irse de la hoja pero no regresara al templo del fuego, y pide que le despidan de Asuma, Naruto y Sai, Kakashi vuelve de su investigación, termina hablando con Asuma sobre sus alumnos y también con Naruto y Sai sobre los últimos acontecimientos